Inizialmente eremo benedettino – secondo storici locali l`impianto originario sarebbe costituito da un eremo benedettino anteriore al 1200, divenne francescano nel 1215 c.a quando San Francesco attraversò Venarotta nel suo viaggio dall’Umbria verso le Marche. Nel 1289 il papa ascolano e francescano Nicolò IV dona al convento di Venarotta un frammento.
Alla fine del Quattrocento la chiesa fu ampliata di una navata, di una cappella per la Santa Croce e dotata di un piccolo coro per i frati.
Nel 1603 la struttura che possiamo ammirare oggi fu completata con il campanile e con il portico e il chiostro.Nell’orto esterno è stato collocato il cimitero comunale.
Dal 2015 il convento è mantenuto da un gruppo di Frati residenti dal Molise guidati da padre Roberto Basilico che hanno restaurato l’antico complesso. Oggi in alcuni locali del convento è stato allestito uno dei primi centri di accoglienza per pellegrini del Cfm, lo Spedale dei Ss. Francesco e Giacomo.